El gobierno español declaró el bloqueo el 14 de marzo de 2020 para hacer frente a la rápida propagación del COVID-19. Como consecuencia, las Islas Baleares permanecieron casi totalmente aisladas debido al cierre de aeropuertos y puertos, estas medidas de aislamiento y el confinamiento domiciliario han llevado a una baja prevalencia de COVID-19 en esta región. Proponemos un modelo compartimental para la propagación de COVID-19 que incluye cinco compartimentos (Susceptible, Expuesto, Infeccioso Presintomático, Enfermo y Recuperado), y la movilidad entre municipios. Los parámetros del modelo se calibran con las series temporales de casos confirmados proporcionadas por el Ministerio de Sanidad español. Tras la calibración, el modelo propuesto captura la tendencia de los casos oficiales confirmados antes y después del cierre. Se muestra que el número estimado de casos depende en gran medida de las fechas del inicio del brote local y el número de casos importados antes del cierre. Nuestras estimaciones indican que la población no ha alcanzado el nivel de inmunización de rebaño necesario para prevenir futuros brotes. Aunque la baja prevalencia, en comparación con la España peninsular, ha impedido la saturación del sistema sanitario, esta baja prevalencia se traduce en bajas tasas de inmunización, facilitando así la propagación de nuevos brotes que podrían dar lugar a olas secundarias de COVID-19 en la región. Estos hallazgos alertan sobre los escenarios de las políticas de post-cierre y el riesgo de segundos brotes, enfatizan la necesidad de realizar pruebas generalizadas y podrían ser potencialmente extrapolables a otras regiones insulares y continentales.